Génomique holstein Gènes Diffusion
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00:00Bonjour, nous allons parler tout de suite de génomique, donc de génomique
00:12Holstein. Pour cela, je suis avec Frédéric Lepoint, responsable génétique
00:17Holstein chez Gènes Diffusion. Alors bonjour monsieur Lepoint. Bonjour.
00:22Donc Gènes Diffusion vient d'être récompensé pour un Innospace pour
00:26l'innovation GD-Scan qui s'occupe d'identifier au niveau génomique
00:32la santé du pied. Alors pourquoi avoir recherché cet indice pour
00:37prédire la santé du pied ? Quel était l'objectif ?
00:41Tout d'abord, on est fiers d'avoir reçu cet Innospace. On a reçu
00:47aussi un Ineldor, donc reconnu par la presse. Donc c'est bien pour avoir
00:52identifié et avoir sorti un premier index génomique sur la santé du pied.
00:58Donc pourquoi on a cherché cet index ? Notre objectif et puis la mission que
01:04l'on a à Gènes Diffusion, qui nous est confiée par notre section Holstein et
01:10notre conseil d'administration, c'est que notre service recherche
01:18des caractères à impact économique importants dans les élevages, essayer de
01:24résoudre un peu ces problèmes économiques impactant l'élevage laitier.
01:30Et donc on a listé tout un certain nombre de caractères et le premier
01:35caractère qui nous semblait être le plus important et qui est héritable, c'est la
01:41santé du pied. D'accord, donc vous avez listé différentes lésions du pied,
01:45lesquelles sont-elles ? Qu'est-ce que vous avez choisi ? Oui, tout à fait. Donc dans notre index
01:50résistance aux lésions, il y a cinq lésions qui ont été, entre guillemets, choisies pour
01:57composer cet index. Alors elles ont été choisies comment ? Déjà on a fait tout un travail de
02:03recherche au niveau bibliographie, parce qu'on n'est pas les seuls à s'intéresser à ça. Il y a
02:08déjà des pays avec plus d'ancienneté que nous, les pays scandinaves, les Pays-Bas par
02:13exemple, ça fait longtemps qu'ils travaillent là-dessus. Alors non pas au niveau génomique,
02:19mais au niveau remontée de données et enregistrement de tout ce qui est données
02:25de parages et problèmes de santé du pied. Parce qu'en France, on n'enregistre pas tellement les
02:30données de parages. Non, c'est un peu le problème des Français. On est quand même un peuple latin,
02:36un peu laxiste des fois sur l'enregistrement. Pour faire les génomiques, il faut quand même
02:40des stats à la base. Vous ne pouvez rien faire si vous n'avez pas une base de référence,
02:46une population de référence pour pouvoir étalonner et puis indexer vos animaux. Donc on a regardé ce
02:53qui se faisait ailleurs et puis nos équipes de recherche qui sont basées à l'Institut Pasteur
03:00de Lille ont tissé un partenariat avec une université aux Pays-Bas, l'université de
03:06Vanderingen et puis se sont mis au boulot à chercher un petit peu les différentes lésions
03:11qui étaient les plus impactantes au niveau économique et avec une prévalence importante
03:19dans les élevages. D'accord, donc de pondérer un peu entre l'impact génétique plutôt et l'impact
03:26économique. Exactement, ça ne sert à rien de chercher à travailler une lésion qui a peu
03:32d'impact, qui est peu présente. On aurait pu en mettre des quinzaines. Tout à fait, le but c'est
03:38d'être efficace. Donc on a décidé d'en choisir cinq les plus impactantes économiquement,
03:44celles qui ont une prévalence importante. Par exemple il y a la dermatite, tout le monde connaît
03:51la dermatite, c'est le fléau de l'élevage mondial aujourd'hui, l'élevage laitier, le fait d'être
03:57concentré en bâtiment, les déjections, l'humidité font que ça prolifère. Par contre, c'est pas la
04:05maladie du pied qui est la plus impactante économique. L'ulcération par exemple est
04:11quelque chose qui a un impact très important. L'ulcération de la sole. Exactement, donc ça
04:16l'ulcération de la sole, ça nécessite souvent l'intervention du vétérinaire pour le parage,
04:21pour les soins, les antibiotiques et ça a un impact très négatif sur la production,
04:26voire sur la longévité de l'animal et certaines vaches, on est obligé de les réformer pour ça.
04:33Donc on s'est basé là-dessus. Vous avez cité également les problèmes de limace, blême et
04:39ouverture de la ligne blanche. Vous avez pondéré tout ça dans un index génomique. Vous auriez presque
04:44pu faire partie de l'équipe, vous avez tout à fait raison. J'ai les notes sous les yeux. C'est
04:50les plus importantes. Et donc ce caractère au global, il est héritable de l'ordre de combien ?
04:56Quelle est son héritabilité ? L'héritabilité au niveau de la santé du pied, au niveau des
05:02lésions, on est sur une héritabilité autour de 0,10. Pour beaucoup de monde, ça ne veut pas dire
05:08grand chose, mais il y a deux autres caractères qui ne sont pas loin et qui font partie de la
05:15vie quotidienne. C'est l'index cellule en France et puis l'index mamide clinique qui est rentré il
05:22n'y a pas très longtemps dans l'index ISU. La santé du pied, c'est à peu près du même ordre,
05:29c'est entre les deux. Et en termes de fiabilité de l'index, vous en êtes où ? Étant donné que la
05:34base est relativement réduite, quel CD vous avez sur cet index ? La base est réduite malgré
05:41quand même pas mal de données parce qu'on a plus de 40 000 données de parage qui ont été intégrées
05:47pour notre population de référence. Aujourd'hui, on est capable de sortir des prédicteurs génomiques
05:54avec une précision incédée à 0,35 à peu près. Pour les puristes, on va nous dire que c'est assez
06:03moyen, que c'est inférieur à 0,65 tel que l'on a dans les index production aujourd'hui et morphologie
06:12génomique. La grosse différence, c'est que les index génomiques pour la production, la morphologie,
06:19ont parté de quelque chose qui était existant où on est passé d'un système classique à un système
06:26génomique. Aujourd'hui, la santé du pied, c'était complètement inexistant. Il n'y avait aucune
06:32indexation génomique pour prédire la santé du pied. Donc même avec 0,35... C'est le premier au mondial ?
06:39Au niveau génomique, c'est une première en France pour la résistance aux lésions, pour la robustesse
06:46du sabot. Donc ça, c'est l'aptitude d'un animal à susciter le parage ou pas. C'est vraiment une
06:52première mondiale. C'est une découverte gène diffusion. Donc à 0,35, quand on part de 0,
06:58c'est mieux que rien. J'imagine que la population, au terme des génotypes, va s'agrandir
07:04et la fiabilité avec. Exactement. Au jour le jour, les données de parage vont venir enrichir et gonfler
07:09la population de référence et faire monter la fiabilité de nos index. D'accord. Et donc, Gènes
07:15Diffusion a voulu mettre cet indice santé du pied dans un indice de synthèse, donc a créé
07:22le Gé des mérites. Qu'est-ce que c'est ? C'est un ISU modifié à la sauce Gènes Diffusion ?
07:28Comment vous l'avez fait ? On peut dire ça comme ça. Oui, en fait, l'intérêt, c'était de trouver un
07:35index santé du pied. Bon, après, on ne fait pas de la recherche juste pour s'amuser. Notre but,
07:40ce n'est pas la gloriole. Notre but, c'est d'avoir une efficacité dans les élevages laitiers,
07:47de fournir à nos coopérateurs, à nos clients quelque chose qui va pouvoir améliorer la vie
07:55économique de leur élevage. Donc pour ça, l'intérêt, c'est de le sélectionner. Et la seule
07:59manière de sélectionner, c'est de l'entrer dans un index de synthèse, à la fois pour hiérarchiser
08:06nos taureaux. Et dans quelques mois, on va proposer ça aussi au niveau des femelles. Est-ce que vous
08:14pouvez détailler rapidement comment ils se sentent, cet index par rapport à l'ISU, donc le Gé des
08:19mérites, qui est vraiment un index économique pour les producteurs de lait? Oui, c'est clair.
08:24En fait, on a voulu intégrer la santé du pied dans un index de synthèse. Et tant qu'à faire,
08:30on voulait essayer de sortir quelque chose un peu plus moderne que l'ISU, quelque chose de
08:35caler encore plus sur les réalités économiques. Et j'allais dire, c'est un peu précurseur. C'est
08:42un index moderne, un peu comme on le voit dans beaucoup de pays. Beaucoup de monde est en train
08:46d'intégrer plus de poids sur les valeurs économiques. Donc, c'est ce qu'on a fait. On a
08:51fait monter un petit peu la production parce qu'on a sondé nos éleveurs avant de faire cet index de
08:57synthèse. Le constat, c'est que l'ISU, c'est pas mal. Par contre, il fallait être capable de libérer
09:05un peu de place pour entrer la santé du pied. Et puis, on s'est dit tant qu'à faire, on va essayer
09:10de donner un peu de poids à ce que les éleveurs cherchent. Donc, la demande, c'est un peu plus de
09:17poids sur la production. Surtout, ne pas continuer à baisser le potentiel. La primautaine, c'est
09:24quand même une vache qui est reconnue pour ses performances laitières. Garder le poids des
09:28caractères de santé ou très peu le changer. Par contre, on a libéré un peu de place avec la
09:35morphologie. On a fait baisser un peu la morphologie pour la rendre par contre plus
09:39fonctionnelle. On a retiré les notions de taille, capacité dans l'index de synthèse morphologique.
09:47Et l'index morphologique, il est composé à 50% de mamelles, 40% de membres. Donc, on monte le poids
09:53des membres. L'objectif, c'est d'avoir des vaches plus fonctionnelles et avec une meilleure longévité.
09:58Et on a donné 10% pour le bassin. Ça aussi, c'est une remarque qu'on a tenue compte de nos éleveurs.
10:04Beaucoup de taureaux aujourd'hui dans la population Holstein ont des bassins renversés,
10:10donc une inclinaison négative. Et ça, c'est mauvais pour le vélage, c'est mauvais pour la fertilité,
10:17pour la fécondité des vaches laitières parce que les écoulements vaginaux se font mal. Donc,
10:22on a donné un poids de 10% et qui est composé à la fois d'inclinaison et de largeur de bassin.
10:28D'accord. Rosichion. OK. Donc là, pour répéter, la morpho qui passe de 15% sur l'ISU à une dizaine
10:37de pourcents, la production autour de 40%. Aussi, vous avez ajouté de la vitesse de traite et des
10:42caractères de santé de mamelles classiques. Et donc, pour intégrer une santé du pied autour
10:48de 12%. Exactement. Oui, vous avez parfaitement résumé. Donnez un peu plus de poids au caractère
10:55économique. On a gardé le même poids sur les caractères de santé à 1 ou 2% près. Et le but,
11:01c'était d'harmoniser et avoir un index plus tourné vers l'avenir. Et j'allais dire, c'est pas un
11:07index de synthèse pour les éleveurs qui aiment la belle vache, la vache de concours. Mais ça,
11:12l'éleveur qui veut sélectionner ces vaches là, il sélectionne sur l'index morphologique. Il n'y a
11:17pas. Il n'y a pas besoin d'une synthèse spéciale. Nous, on voulait. C'est un index de synthèse pour
11:23les producteurs de lait. On sait que les élevages vont en grandissant. Le management est très
11:28important. Le poids économique des données dans l'index de synthèse, c'est aujourd'hui une
11:33réalité. Vous avez quelques exemples de taureaux qui ont des grosses différences entre l'ISU et
11:37le GD Mérites. En termes général, le taureau qui a un index équilibré s'en sort mieux. Mais par
11:47exemple, le numéro un GD Mérites de tous les taureaux qu'on a passé, c'est Gibson. C'est un
11:54taureau qui est déjà haut sur base ISU. C'est un taureau qui a encore progressé. Il est à 196
12:00points de GD Mérites. C'est le numéro un actuel. Il y a des taureaux qui étaient plus hauts que lui
12:06en ISU, qui sont passés en dessous de lui au ranking. Mais c'est, si vous allez voir les
12:13valeurs de ce taureau, c'est vraiment l'exemple parfait de ce que les éleveurs producteurs
12:17cherchent. C'est un taureau avec du lait, de la protéine, des bons caractères de santé,
12:22une morphologie fonctionnelle. Et c'est un taureau qui est bon dans la résistance aux lésions.
12:27D'accord. Donc vous proposez à vos clients, à vos adhérents de génotyper les femelles.
12:33Donc comment ça se passe ? Comment ils peuvent faire ? Est-ce qu'ils peuvent le faire eux-mêmes
12:37et à quel tarif ? Oui, bien sûr. Donc avec GEDESCAN, il n'y a aucun souci. Aujourd'hui,
12:42on a notre propre plateforme de génotypage. Donc en France, c'est la méthode d'analyse sanguine qui a
12:51été développée au départ. C'est la méthode que l'on avait pris au début au niveau de notre
12:58plateforme Genomi. Mais depuis quelques années, on a réfléchi à un test plus facile et plus
13:04pratique pour l'éleveur au quotidien. Donc on a développé un kit de prélèvement de poils pour
13:10une analyse ADN avec la bulbe du poil. Donc ça, j'allais dire, même un garçon de 15 ans serait
13:17capable de le faire. Il suffit. Vous allez sur notre site. Il y a une petite vidéo explicative.
13:22Vous regardez comment c'est fait. C'est enfantin. C'est ludique comme chose. C'est beaucoup plus
13:30facile à réaliser qu'un test sanguin. Rappelez-nous les tarifs d'un génotypage femelle. Les tarifs
13:35aujourd'hui, un éleveur qui en fait en quantité suffisante, c'est à dire une vingtaine de tests,
13:41il peut avoir un résultat génomique qui va être facturé 50 euros avec en plus de tous les
13:50caractères que l'on connaît, la santé du pied. D'accord. Et le GEDESCAN, évidemment. Et bien
13:55entendu, le GEDESMERIT. Donc le but, c'est de pouvoir avoir le GEDESMERIT qui est disponible
14:01aujourd'hui dans notre catalogue pour les reproducteurs mâles et de l'avoir à partir du
14:05début d'année, un GEDESMERIT sur l'ensemble de nos femelles pour que les techniciens puissent
14:11faire des accouplements raisonnés sur ce caractère plus éco. Enfin, cet index de synthèse plus
14:16économique si l'éleveur le désire. Frédéric Lepoing, je vous remercie. Merci à vous.